מבחינה כימית חומצות שומן מתחלקות לשלוש קבוצות: חומצות שומן רוויות, חומצות שומן חד בלתי רוויות וחומצות שומן רב בלתי רוויות.

חומצות השומן הרוויות, בעלות תרכובת רוויה המתייחסת להיות התרכובת רוויה באטומי מימן. בגלל המבנה הישר שלהן המאפשר למולקולות להיצמד זו לזו, תרכובות רוויות הן לרוב מוצקות בטמפרטורת החדר.

חומצות שומן חד בלתי רוויות נמצאות למשל, בשמן זית המכיל לרב את חומצת השומן ממשפחת אומגה-9, שמן נוזלי שבמידה שנעשה בכבישה קרה, יהפוך מוצק עם ירידת הטמפרטורה ל-5 מעלות. בנוסף לשמן זית, מוצרים המכילים הכי הרבה אומגה -9, הינם: שמן אגוזי לוז, שמן שקדים, שמן קנולה ושמן אבוקדו.  

​

יתרונות ותפקידים של אומגה-9 הם: הפחתת רמת הכולסטרול "הרע" בדם והעלאת רמת הכולסטרול ״הטוב".  אלו בין היתר תורמים ל:

​

• הורדה של לחץ דם גבוה.

• חיוני לתפקוד תקין של הלב, כלי הדם ומערכת העיכול.

• מסייע בהפחתת הסיכון לטרשת עורקים.

• מסייע באיזון רמות הסוכר בדם.

• מועיל לחיזוק מערכת החיסון.

חומצות שומן רב בלתי רוויות נבדלות באמצעות הקשרים שבין אטומי הפחמן בשרשראות חומצות השומן. קיימים שני סוגי קשרים בין אטומי הפחמן, קשר יחיד  C-Cוקשר כפול . C=C הקשר הכפול מגביל את כיפוף המולקולה וכך החומר פחות צפוף, כתוצאה מכך החומר נוטה להיות יותר נוזלי. אם הקשר ה-3 בין אטומי הפחמן הוא כפול, מכונה חומצה זו אומגה 3 (ω-3); אם הקשר ה-6 הוא הכפול, מכונה חומצת השומן אומגה 6  (ω-6). שתי קבוצות אלה כוללות חומצות שומן חיוניות  (אינן מיוצרות ממרכיבי תזונה אחרים ובעיקר אומגה-3 שמצויה ביותר בדגי ים ממים עמוקים ובשמן פשתן. התזונה המערבית כוללת כמויות גבוהות מאוד של חומצות אומגה-6 וכמויות נמוכות יחסית של חומצות אומגה-3, לעתים ביחס המגיע עד 1 ל-20 ואף יותר. לצורך פעילות תקינה של הגוף חשוב לשמור על יחס מאוזן יותר בין צריכת חומצות אלה ועל כן מומלץ כיום להעשיר את התזונה במרכיבים המכילים חומצות אומגה-3 ולצמצם מזונות העשירים באומגה-6. איזון זה חשוב ביותר לשמירה על מערכת העצבים (מניעת דיכאון וירידה בזיכרון) ולשמירה על הלב ועל העור. הבדיקות הפונקציונליות מיועדות לקבלת מידע מפורט על מצב חומצות שומן בדם ויחסיהם.

חומצות השומן הלא רווית מתחלקות גם לשני הסוגים הבאים: ציס וטראנס.

חומצות השומן הלא רווית כמו, חומצות שומן טראנס (שומן מוקשה) יכולות להיות חד בלתי רוויותאו רב בלתי רוויות. מבחינה כימית, שומני טראנס עשויים מאותן אבני יסוד כמו שומנים אחרים, אבל יש להם צורה שונה של המולקולה – ישרה יותר, במקום מעוקלת. בשל כך שומני טראנס צמיגיים יותר בדרך כלל, יציבים ונקודת ההתכה שלהם גבוהה יותר.

​

חומצות שומן טראנס נוצרות באופן מלאכותי כתוצר לוואי של הידרוגניזציה חלקית של שומן צמחי, שבה המבנה המולקולרי של השומן משתנה (מעלה את נקודת ההתכה ומפחית את הריקבון). אבל התהליך מביא לכך שחלק מהשומן ששונה הופך לשומן טראנס. חומצות שומן טראנס מופיעות גם באופן טבעי בכמויות זעירות בבשר ובחלב של מעלי גירה, אבל הן בעלות מבנה שונה משל חומצות הטרנס המלאכותיות. נמצא כי חומצות הטרנס המלאכותיות מסוכנות לבריאותנו מאחר ונשארות בזרם הדם זמן רב יותר ונוטות להצטבר על דופנות כלי הדם. הצטברות זו מצרה את כלי הדם, מאיצה את תהליך טרשת העורקים וגורמת לעליית הסיכון למחלות לב כגון התקף לב ושבץ. כמו כן, שומני טראנס קשורים לעליית הכולסטרול "הרע" (LDL) וירידת הכולסטרול "הטוב" (HDL) מסיבות אלו מומלץ להפחית את צריכת שומני הטראנס לכמויות קטנות מאוד.

​

לא נשארו כיום חילוקי דעות לגבי השומנים המזיקים, אליהם משתייך שומן הטראנס שנוצר באופן מלאכותי משמנים צמחיים דרך הידרוגנציה. המבנה המולקולרי של שומן הטראנס מונע ממנו להיות "חומר בניה" ראוי לתאי הגוף ומוגדר על ידי מערכות בקרה כזר. פעילותו האגרסיבית מתבטאת בין היתר בתפיסת מקומן של חומצות השומן החיוניות ממשפחת אומגה -3\6. מחצית החיים של שומן טראנס ארוכה יותר מכל שומן רווי, לכן לא ניתן לסלקו מהגוף זמן רב. צריכה קבועה של שומני טראנס עלולה לגרום לבעיות כבד, לב, כלי דם ורבות אחרות, כולל סרטן.

מקורות של שומן טרנס הם:

• בשר אדום מעובד (נקניקים, פסטרמות)

• מרגרינה, מיונז, קטצ׳ופ, רטבים מוכנים

• דברי חלב עשירים בשומן

• מאפים

• פסט פוד וגיאנק פוד, כמו צ׳יפס, פופ קורן וכו'.

בישראל, החל משנת 2014 ישנה חובת פירוט סוגי וכמויות השומן במוצר, בין היתר גם כמות שומן הטראנס.

​