המרכיב ההכרחי השני של מחלה אפי-גנטית הוא – חשיפה לגורמי סיכון בתקופה העוברית ו\או בשלושת השנים הראשונות לאחר הלידה. חשיפה זו עלולה להוביל להתפתחות לקויה של מבנים מוחיים חשובים ובהמשך לעורר את התפתחות האוטיזם (ראשוני או רגרסיבי).

גורמי הסיכון כוללים:
• שימוש בתרופות בעלות השפעה אפשרית על התפתחות העובר במהלך ההיריון (במיוחד בשליש הראשון);
• חשיפה לחומרים רעילים (חומרי הדברה, סתימות אמלגם, מתכות כבדות וכו');
• חוסר איזון כרוני של חומרים מזינים וויטמינים;
• חיסון;
• עלייה ברמות הנחושת במי שתייה;
• תסמונת מעי "דליף";
• זיהומים חריפים / כרוניים, מחלות אוטואימוניות;
• פגיעה מוחית;
• אי סבילות למזון ואלרגיות;
• מתח נפשי (חריף / כרוני)